Конечно есть взаимосвязь между количеством страниц (размером сайта) и трудоемкостью SEO аудита. Поэтому стоимость аудита для разных сайтов будет разной.
Однако сделать аудит для сайт в 1000, 10000 или даже миллион страниц вполне реально. Большинство страниц - типовые и проблемы имеют шаблон, закономерность. Достаточно устранить эту закономерность и проблема уйдет на всех страницах данного типа.
Также у сео-специалиста при выполнении комплексного сео аудита есть множество инструментов и программ для автоматизации. Это позволяет делать аудиты даже для самых больших сайтов.